近日，植物保護(hù)研究室食用菌菌種調(diào)研室在Journal of Fungi（IF=5.81）上刊登了題寫“Haplotype-Resolved Genome Analyses Reveal Genetically Distinct Nuclei within a Commercial Cultivar of Lentinula edodes”的科學(xué)研究畢業(yè)論文，該科學(xué)研究根據(jù)HiFi[[[ ]]]Hi-C搭建了平菇2個單倍型核的高品質(zhì)參照基因，分析了2個單核心體間的基因遺傳差別并深入分析了這種差距在平菇生命期中的主要功效，進(jìn)而為平菇不一樣種類間基因遺傳差別、后代基因重新組合等科學(xué)研究帶來了新看法。

　　平菇（Lentinula edodes）是亞洲地區(qū)最受大家喜愛食用菌菌種種類之一，含有各種營養(yǎng)物質(zhì)和藥用價值特點，具備較高的營養(yǎng)價值和經(jīng)濟價值。在平菇絕大多數(shù)的生命期中，單獨真菌體細(xì)胞中帶有2個單倍體細(xì)胞質(zhì)，共享資源一套細(xì)胞核管理體系，且不開展核結(jié)合；僅在轉(zhuǎn)化成胞子時重?fù)?dān)中的2個細(xì)胞質(zhì)產(chǎn)生結(jié)合及減數(shù)分裂全過程，接著產(chǎn)生單倍體的胞子；平菇中僅有雙核處理器體真菌才可以紐結(jié)產(chǎn)生原基并長成子實體。平菇不一樣配種型單核心體基因的分析，針對揭露平菇2個細(xì)胞質(zhì)在兒童生長發(fā)育中的基本功能和兩核中間的相互影響及為必要性。

　　此項科學(xué)研究根據(jù)HiFi轉(zhuǎn)錄組測序和Hi-C輔助拼裝，搭建了至今最完全的平菇單倍型基因。在其中SP3拼裝的基因尺寸為50.83Mb，contig N50=3.4Mb，并將99.63%的編碼序列定量化到10條性染色體上；SP30拼裝的基因尺寸為49.80Mb，contig N50=2.64Mb，并將98.91%的編碼序列定量化到10條性染色體上，BUSCO評定基因一致性各自為96.4%和96.2%。在這個基礎(chǔ)上，較為了2株平菇單倍型基因與其他已發(fā)布的4株平菇株系基因的共線性，評定到了不一樣平菇株系間的一共有和特有遺傳基因。每一個平菇株系的特有遺傳基因均在1000個上下，這種一共有遺傳基因關(guān)鍵聚集在新陳代謝和體細(xì)胞成份有關(guān)的通道中。除此之外，運用共線性剖析可以了SP3和SP30基因間的性染色體重新排列及其重新排列遺傳基因的作用差別，發(fā)覺2個核基因組序列差別超過30%，填補了對平菇不一樣配種型基因差別的認(rèn)知能力：SP3中評定到333個特有遺傳基因，關(guān)鍵分布范圍在9號性染色體上；SP30中評定到366個特有遺傳基因，關(guān)鍵分布范圍在1、2、3號性染色體上。最終，學(xué)者對SP3和SP30基因中的兩種非連鎖加盟配種型結(jié)構(gòu)域A（matA）和B（matB）開展了精準(zhǔn)定位科學(xué)研究，發(fā)覺SP3和SP30中matA的間距和基因結(jié)構(gòu)層面出現(xiàn)差別，而二者間的matB在數(shù)目和部位上具有差別，為平菇定項雜交育種給予研究基礎(chǔ)。該分析為進(jìn)一步科學(xué)研究平菇種植品種間、栽培品種與野生植物種類間的關(guān)聯(lián)，及其2個細(xì)胞質(zhì)對平菇子實體產(chǎn)生的協(xié)作管控功效確立了基本。

　　植物保護(hù)研究室高琪助理研究員因此科學(xué)研究的第一作者，寒冬副研究員和澳大利亞麥克馬斯特高校徐建平專家教授為本分析的通訊作者，此科學(xué)研究遭受了北京農(nóng)業(yè)和林業(yè)研究院（BAAFS）、當(dāng)代特色農(nóng)業(yè)技術(shù)性管理體系北京食用菌菌種自主創(chuàng)新精英團隊（BAIC05-2022）、我國食用菌菌種產(chǎn)業(yè)鏈技術(shù)性管理體系（CARS-20）等工程的支助。